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ClinGen PP3/BP4更新建議:錯義變異計算工具校準及致病性分類
發布時間:2023-01-11 19:00:00來源:

美國醫學遺傳學與基因組學學會和分子病理學協會(ACMG/AMP)關于解釋序列變異的建議指出,根據多個計算機預測工具結果使用支持性證據,即支持致?。≒P3)或支持良性(BP4)。然而,由工具開發人員定義的評分閾值及需要多個預測結果一致的ACMG/AMP建議均缺乏定量支持。之前,ACMG/AMP建議量化證據等級(支持、中等、強、非常強)。ClinGen的專家們將這個框架擴展到軟件預測,并引入了一個新的標準,即將軟件預測的分數轉換為PP3和BP4的證據強度。該方法基于估計局部陽性預測值,并可以校準每種變量類型的計算工具或其他連續規模性證據。專家們使用挑選過的數據集評估了13種錯義突變預測工具的致病性和良性證據強度對應的閾值。根據新閾值結果,發現大多數工具達到了致病性和良性分類的支持水平,多個工具達到了中等水平,有幾個工具達到了強水平,有一個工具達到了非常強水平。基于這些發現,專家們提出了根據單個預測工具結果對ACMG/AMP標準的PP3和BP4進行循證修訂的建議,以及對臨床解釋計算方法的未來評估。


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